Во дворе Новодевичьего монастыря пристав угрозами принуждает народ молить Бориса Годунова венчаться на царство. Думный дьяк Щелкалов извещает, что Борис и слышать не желает о троне.
В Московском Кремле праздничный благовест: Борис согласился и венчается на царство. Народ славит его. Но торжество не радует Годунова, его гнетут сомнения и зловещие предчувствия.
В келье Чудова монастыря старец Пимен в своей летописи пишет о Годунове, повинном в гибели царевича Димитрия, законного наследника престола. Рассказ Пимена подталкивает молодого инока Григория Отрепьева к принятию дерзкого решения.
В корчму на литовской границе вместе с беглыми иноками Варлаамом и Мисаилом приходит Григорий. Он выведывает у хозяйки корчмы, как беспрепятственно добраться до Литвы. Появляются приставы, разыскивающие беглого еретика Гришку Отрепьева. Григорий вызывается прочесть указ и подменяет свои приметы приметами Варлаама. Обман обнаруживается, но Григорий спасается бегством.
В Царском тереме Московского Кремля царевна Ксения оплакивает умершего жениха. Царевич Фёдор изучает карту Московии. Бориса терзают тяжкие думы, ни в семье, ни в государственных делах нет ему счастья, тщетны его благодеяния для народа. Шуйский приносит весть о Самозванце, появившемся в Литве под именем Димитрия. Борису мерещится призрак царевича.
В Сандомирском замке Марина Мнишек встречается с влюблённым в неё Самозванцем. Она умело разжигает в нём честолюбие и ставит условие, что будет принадлежать ему только тогда, когда он взойдёт на царский престол.
На площади перед собором Василия Блаженного народ обсуждает слухи о приближении войска Димитрия. Из собора выходит Годунов. Люди молят государя о хлебе. Борис просит Юродивого помолиться за него. «Нельзя молиться за царя-Ирода. Богородица не велит», – отвечает Юродивый.
В Грановитой палате Московского Кремля чрезвычайное заседание боярской думы. Бояре спорят о поимке и казни Самозванца. Появляется царь, преследуемый видением. Чувствуя приближение смерти, Борис зовёт сына, прощается с ним и умирает.
Под Кромами разгорается бунт. Варлаам и Мисаил подстрекают народ рассказами о расправах на Руси и призывают встать на сторону законного престолонаследника. Появляется Самозванец. Народ встречает его ликованием.
Юродивый предрекает Руси новые беды.