Закончила в 1996 году Астраханскую государственную консерваторию (класс профессора И.Я. Маколовой). В том же году стала солисткой Астраханского государственного музыкального театра. В дальнейшем перешла в труппу Астраханского государственного театра Оперы и Балета.
С переходом театра в новый статус продолжила концертную работу на Большой и Малой сценах театра, участвуя в программах музыкального абонемента, принимая участие в социальных проектах, детских спектаклях. Пела в оперных спектаклях: Бригитта в "Иоланте" П. Чайковского, Кэт в "Мадам Баттерфляй" Дж. Пуччини, Аннина в "Травиате" Дж. Верди, Мерседес в "Кармен" Ж. Бизе, Петровна в "Царской невесте".
В последние годы Е. Малышева является официальным "голосом театра". Её голос звучит не только во всех объявлениях театра, но она полюбилась зрителям как интеллигентная, благородно-сдержанная ведущая симфонических концертов театра.
С 2021 года Елена Малышева является помощником режиссёра.
